ವಿಶ್ವನಾಥ ದೇವಾಲಯದ ಇತಿಹಾಸವು ಸಾವಿರಾರು ವರ್ಷಗಳಷ್ಟು ಹಳೆಯದು ಎಂದು ನಂಬಲಾಗಿದೆ. ಈ ದೇವಾಲಯವನ್ನು 11 ನೇ ಶತಮಾನದಲ್ಲಿ ರಾಜ ಹರಿಶ್ಚಂದ್ರನು ಪುನರ್ನಿರ್ಮಿಸಿದನು ಎಂದು ಹೇಳಲಾಗುತ್ತದೆ. ಇದನ್ನು ಮುಹಮ್ಮದ್ ಘೋರಿ ಕ್ರಿ.ಶ.1194 ರಲ್ಲಿ ಕೆಡವಿದನು. ಆದರೆ ದೇವಾಲಯವನ್ನು ಪುನರ್ನಿರ್ಮಿಸಲಾಯಿತು. ಆದರೆ ಕ್ರಿಪೂ 1447 ನಲ್ಲಿ ಅದನ್ನು ಮತ್ತೊಮ್ಮೆ ಜೌನ್ಪುರದ ಸುಲ್ತಾನ್ ಮಹಮೂದ್ ಷಾ ಕೆಡವಲಾಯಿತು. ಇತಿಹಾಸದ ಪುಟಗಳನ್ನು ಅವಲೋಕಿಸಿದಾಗ, 11 ನೇ ಶತಮಾನದಿಂದ 15 ನೇ ಶತಮಾನದವರೆಗೆ ಕಾಶಿ ದೇವಾಲಯದ ನಿರ್ಮಾಣ ಮತ್ತು ಹಾನಿಯ ಘಟನೆಗಳು ಮುಂದುವರೆಯಿತು ಎನ್ನಲಾಗಿದೆ.
ನಂತರ ಸುಮಾರು 125 ವರ್ಷಗಳ ಕಾಲ ಅಲ್ಲಿ ಯಾವುದೇ ದೇವಾಲಯ ಇರಲಿಲ್ಲ. ಇಂದಿನ ಬಾಬಾ ವಿಶ್ವನಾಥ ದೇವಾಲಯವನ್ನು ಮಹಾರಾಣಿ ಅಹಲ್ಯಾಬಾಯಿ ಹೋಳ್ಕರ್ ಅವರು 1780 ರಲ್ಲಿ ನಿರ್ಮಿಸಿದರು. ನಂತರ ಮಹಾರಾಜ ರಂಜಿತ್ ಸಿಂಗ್ ಅವರು 1853 ರಲ್ಲಿ 1000 ಕೆಜಿ ಚಿನ್ನವನ್ನು ದಾನ ಮಾಡಿದರು. ಆದಿ ಶಂಕರಾಚಾರ್ಯ, ಸಂತ ಏಕನಾಥ, ರಾಮಕೃಷ್ಣ ಪರಮಹಂಸ, ಸ್ವಾಮಿ ವಿವೇಕಾನಂದ, ಮಹರ್ಷಿ ದಯಾನಂದ, ಗೋಸ್ವಾಮಿ ತುಳಸಿದಾಸರು ಸಹ ಭೇಟಿ ಇಲ್ಲಿಗೆ ನೀಡಿದ್ದರು.